การยื่นฟ้องต่อศาล จะต้องเป็นไปตามเงื่อนไข ดังต่อไปนี้
1. เรื่องที่นำมาฟ้องต้องเป็นคดีปกครอง และต้องเป็นเรื่องที่อยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาของศาลปกครอง คือ เป็นกรณีตามมาตรา 9 และมาตรา 11 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 และมาตรา 223 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย
2. ต้องยื่นฟ้องต่อศาลที่มีอำนาจ
อำนาจศาลในที่นี้หมายถึงทั้งอำนาจและเขตอำนาจกล่าวคือ คดีที่อยู่ในอำนาจของศาลปกครองชั้นต้น ก็จะต้องยื่นฟ้องต่อศาลปกครองชั้นต้นจะฟ้องไปยังศาลปกครอง สูงสุดไม่ได้ ในทางกลับกันคดีที่อยู่ในอำนาจของศาลปกครองสูงสุด ก็จะต้องยื่นฟ้องต่อศาล ปกครองสูงสุดเท่านั้น อีกทั้งการยื่นฟ้องคดีจะต้องยื่นฟ้องต่อศาลปกครองที่มีเขตอำนาจเหนือคดีนั้น ซึ่งในศาลปกครองชั้นต้นได้แก่ ศาลที่มูลคดีเกิดขึ้นหรือศาลที่ผู้ฟ้องคดีมีภูมิลำเนาอยู่เขตศาลนั้น ส่วนศาลปกครองสูงสุดมีเขตอำนาจครอบคลุมทุกพื้นที่ของประเทศ
3. คำฟ้องต้องทำเป็นหนังสือและมีรายการตามที่กำหนดไว้และยื่นโดยถูกวิธี
การฟ้องคดีปกครองไม่มีแบบของคำฟ้องกำหนดไว้เฉพาะ แต่ต้องทำเป็นหนังสือ ฟ้องด้วยวาจาไม่ได้ ใช้ถ้อยคำสุภาพ มีรายการตามที่บัญญัติไว้ในมาตรา 45 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 กล่าวคือต้องระบุ ชื่อ ที่อยู่ของผู้ฟ้องคดีและผู้ถูกฟ้องคดี ข้อเท็จจริงหรือพฤติการณ์เกี่ยวกับการกระทำที่เป็นเหตุแห่งการฟ้องคดี คำขอและลายมือชื่อผู้ฟ้องคดี โดยต้องแนบพยานหลักฐานที่เกี่ยวข้องไปพร้อมคำฟ้อง โดยผู้ฟ้องคดีต้องจัดทำสำเนาคำฟ้องและสำเนาพยานหลักฐานตามจำนวนผู้ถูกฟ้องคดีด้วย
สำหรับวิธีการยื่นคำฟ้องนั้นจะยื่นด้วยตนเองหรือมอบอำนาจให้ผู้อื่นยื่นแทนหรือจะส่งทางไปรษณีย์ลงทะเบียนก็ได้
อนึ่ง ในกรณีที่มีผู้ประสงค์จะฟ้องคดีหลายคนในเหตุเดียวกัน บุคคล ดังกล่าวจะยื่นคำฟ้องร่วมกันเป็นฉบับเดียว โดยมอบให้ผู้ฟ้องคดีคนหนึ่งเป็นตัวแทนของผู้ฟ้องคดีทุกคนก็ได้ ในกรณีนี้ถือว่าการกระทำของตัวแทนผู้ฟ้องคดีในกระบวนพิจารณาผูกพันผู้ฟ้องคดีทุกคนด้วย
4. ผู้ฟ้องคดีต้องเป็นผู้ที่มีความสามารถตามกฎหมาย
โดยหลักแล้วผู้ฟ้องคดีต้องเป็นผู้ที่มีความสามารถในการทำนิติกรรมตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ หากผู้ฟ้องคดีมีข้อบกพร่องในเรื่องความสามารถก็จะต้องดำเนินการแก้ไขตามที่ประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์บัญญัติไว้ อย่างไรก็ดี สำหรับในการฟ้องคดีปกครองนั้น มีข้อยกเว้นอนุญาตให้ผู้เยาว์ที่มีอายุไม่ต่ำกว่า 15 ปีบริบูรณ์ ฟ้องคดีด้วยตนเองได้ถ้าศาลอนุญาต
5. ผู้ฟ้องคดีต้องเป็นผู้มีสิทธิฟ้องคดีตามที่บัญญัติไว้ในมาตรา 223 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย และมาตรา 42 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542
กล่าวคือ จะต้องเป็นผู้ที่ได้รับความเดือดร้อนหรือเสียหายหรืออาจจะเดือดร้อนหรือเสียหายโดยมิอาจหลีกเลี่ยงได้จากการกระทำหรืองดเว้นการกระทำอย่างหนึ่งอย่างใดของหน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐ หรือมีข้อโต้แย้งเกี่ยวกับสัญญาทางปกครอง หรือกรณีอื่นใดที่อยู่ในเขตอำนาจของศาลปกครองซึ่งในความเป็นจริงส่วนใหญ่แล้วผู้เสียหายในคดีปกครองก็คือประชาชนทั่วไปที่ได้รับความเดือดร้อนหรือเสียหายจากการกระทำทางปกครอง แต่หน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐก็อาจเป็นผู้เสียหายและฟ้องคดี ปกครองได้เช่นกัน
สำหรับกรณีความรับผิดทางละเมิดหรือความรับผิดอย่างอื่นของฝ่ายปกครองหรือสัญญาทางปกครองนั้น มีความชัดเจนอยู่ในตัวว่า “ผู้ได้รับความเดือดร้อนหรือเสียหาย หรืออาจจะเดือดร้อนหรือเสียหายโดยมิอาจหลีกเลี่ยงได้” นั้น จะต้องเป็นผู้ที่ถูก “โต้แย้งสิทธิ” เท่านั้น เพราะเขาต้องเป็น “ผู้ทรงสิทธิ” โดยสภาพ และสิทธิของเขาถูกโต้แย้งด้วยการกระทำละเมิดหรือการไม่ปฏิบัติตามสัญญาของฝ่ายปกครอง หรืออสังหาริมทรัพย์ของเขาถูกเวนคืน
ในคดีเกี่ยวกับการละเลยต่อหน้าที่หรือปฏิบัติหน้าที่ล่าช้าเกินสมควร คงถือหลักเดียวกับคดีเกี่ยวกับความชอบด้วยกฎหมายของการกระทำทางปกครอง ส่วนคดี ที่กฎหมายกำหนดให้อยู่ในเขตอำนาจของศาลปกครองนั้น ย่อมขึ้นอยู่กับกฎหมายในเรื่องนั้น ๆ แต่ก็ต้องพิจารณาเปรียบเทียบกับกรณีที่กล่าวมาข้างต้นด้วยว่ามีลักษณะคล้ายคลึงหรือ แตกต่างกันเพียงใด แต่สำหรับคดีที่กฎหมายกำหนดให้ฝ่ายปกครองฟ้องคดีต่อศาลเพื่อบังคับให้บุคคลต้องกระทำหรือละเว้นกระทำอย่างหนึ่งอย่างใด ไม่มีประเด็นต้องพิจารณาถึงความหมายของคำว่า “ผู้มีส่วนได้เสีย” เพราะผู้ฟ้องคดีก็คือฝ่ายปกครองและเป็นการฟ้องคดีตามที่กฎหมายกำหนด
6. ต้องยื่นฟ้องภายในระยะเวลาที่กำหนด
กรณีที่ฟ้องขอให้ศาลเพิกถอนกฎหรือคำสั่งทางปกครองต้องฟ้องภายใน 90 วัน นับแต่วันที่รู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องคดี เช่น ฟ้องคดีเพิกถอนคำสั่งลงโทษทางวินัยต้องฟ้องภายใน 90 นับแต่วันที่ทราบผลการวินิจฉัยอุทธรณ์เป็นต้น กรณีฟ้องเกี่ยวกับเจ้าหน้าที่ของรัฐละเลยต่อหน้าที่ตามที่กฎหมายกำหนดให้ต้องปฏิบัติหรือปฏิบัติหน้าที่ดังกล่าวล่าช้าเกินสมควรต้องยื่นฟ้องภายใน 90 วัน นับแต่วันที่พ้นกำหนด 90 วัน นับแต่วันที่ผู้ฟ้องคดีมีหนังสือร้องขอต่อหน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐ เพื่อให้ปฏิบัติหน้าที่ตามที่กฎหมายกำหนดและไม่ได้รับหนังสือชี้แจงจากหน่วยงานหรือเจ้าหน้าที่ดังกล่าว หรือได้รับแต่เป็นคำชี้แจงที่เห็นว่าไม่มีเหตุผล หรือมีกฎหมายเฉพาะกำหนดไว้เป็นอย่างอื่น ถ้าเป็นคดีเกี่ยวกับการกระทำละเมิดหรือความรับผิดอย่างอื่นของหน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐ ให้ยื่นฟ้องภายใน 1 ปี และถ้าเป็นคดีพิพาทเกี่ยวกับสัญญาทางปกครองต้องฟ้องภายใน 5 ปี นับแต่วันที่รู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องคดี แต่ไม่เกิน 10 ปี นับแต่วันที่มีเหตุแห่งการฟ้องคดี
อย่างไรก็ตาม ถ้าเป็นคดีเกี่ยวกับการคุ้มครองประโยชน์สาธารณะหรือ สถานะของบุคคลจะยื่นฟ้องเมื่อใดก็ได้ และในบางกรณีถ้าคู่กรณีมีคำขอหรือศาลปกครองเห็นเองว่าคดีที่ยื่นฟ้องเมื่อพ้นกำหนดระยะเวลาการฟ้องคดีแล้วนั้น จะเป็นประโยชน์แก่ส่วนรวมหรือมีเหตุ จำเป็นอื่น ศาลปกครองจะรับไว้พิจารณาก็ได้
7. ก่อนฟ้องคดีปกครองต้องดำเนินการแก้ไขความเดือดร้อน หรือเสียหายตามขั้นตอนหรือวิธีการที่กฎหมายกำหนดไว้สำหรับการนั้นเสียก่อน
ในกรณีที่มีกฎหมายกำหนดขั้นตอนหรือวิธีการสำหรับการแก้ไขความเดือดร้อนหรือเสียหายในเรื่องใดไว้โดยเฉพาะ การฟ้องคดีปกครองในเรื่องนั้นจะกระทำได้ต่อเมื่อมีการดำเนินการตามขั้นตอนและวิธีการดังกล่าว และได้มีการสั่งการตามกฎหมายนั้นหรือมิได้มีการสั่งการภายในเวลาอันสมควรหรือภายในเวลาที่กฎหมายนั้นกำหนด เช่น ตามกฎหมายว่าด้วยการควบคุมอาคารกำหนดให้ต้องมีการอุทธรณ์คำสั่งไม่อนุญาตให้ก่อสร้างอาคารต่อเจ้าพนักงานท้องถิ่นภายใน 60 วัน หรือตามมาตรา 44 แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 ที่บัญญัติให้ต้องอุทธรณ์คำสั่งทางปกครองที่ไม่ได้ออกโดยรัฐมนตรีและไม่มีกฎหมายกำหนดขั้นตอนอุทธรณ์ ภายในฝ่ายปกครองไว้เป็นการเฉพาะ ภายใน 15 วัน เป็นต้น ซึ่งหากยังไม่มีการอุทธรณ์ตามกฎหมายดังกล่าว ก็ไม่อาจนำคดีมาฟ้องต่อศาลปกครองได้ หากมีการอุทธรณ์แล้วและได้มีการสั่งการตามการอุทธรณ์นั้นแล้ว หรือไม่มีการสั่งการภายในระยะเวลาอันสมควรหรือในระยะเวลาที่กฎหมายกำหนดจึงจะสามารถนำคดีมาฟ้องต่อศาลปกครองได้ ในกรณีของคดีสัญญาและละเมิดหรือความรับผิดอย่างอื่นนั้น ไม่มีบทบัญญัติใดบังคับให้เอกชน ผู้ฟ้องคดีต้องขอให้หน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐรับผิดทางละเมิดหรือตามสัญญาเสียก่อน จึงจะสามารถฟ้องคดีปกครองได้ คงมีกรณีตามมาตรา 11 แห่งพระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ. 2539 เท่านั้น ที่วางหลักว่าผู้เสียหายจะขอให้หน่วยงานของรัฐพิจารณาชดใช้ค่าสินไหมทดแทนสำหรับความเสียหายที่เกิดแก่ตน อันเนื่องมาจากการกระทำละเมิดซึ่งหน่วยงานของรัฐต้องรับผิดก็ได้ และถ้าไม่พอใจผลการวินิจฉัยของหน่วยงานของรัฐ ก็มีสิทธิฟ้องคดีต่อศาลปกครองต่อไป (พระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดฯ มาตรา 14) อย่างไรก็ตามกฎหมายไม่ได้บังคับว่าต้องดำเนินการที่กล่าวมาเสียก่อนจึงจะมีสิทธิฟ้องคดี ด้วยเหตุนี้ เอกชนผู้เสียหายจึงสามารถฟ้องคดีละเมิดต่อศาลปกครองได้เลย ถ้าเป็นกรณีที่เข้าข่ายตามมาตรา 9 วรรคหนึ่ง (3)
8. การชำระค่าธรรมเนียมศาล
โดยทั่วไปการฟ้องคดีปกครองไม่ต้องเสียค่าธรรมเนียมศาล (กรณีการฟ้องคดีขอให้ศาลเพิกถอนกฎหรือคำสั่งทางปกครองที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายหรือการฟ้องคดีเกี่ยวกับการละเลยต่อหน้าที่หรือปฏิบัติหน้าที่ล่าช้าเกินสมควร) แต่ถ้าเป็นการฟ้องคดีขอให้ศาลสั่งให้ใช้เงินหรือส่งมอบทรัพย์สินอันสืบเนื่องจากคดีพิพาทเกี่ยวกับการทำละเมิดหรือความรับผิดอย่างอื่นของหน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐ หรือคดีพิพาทเกี่ยวกับสัญญาทางปกครองต้องเสียค่าธรรมเนียมศาลในอัตราตามที่ระบุไว้ในตาราง 1 ท้ายประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง เว้นแต่ที่ศาลมีคำสั่งให้ยกเว้นค่าธรรมเนียมศาล