การยื่นฟ้องคดีปกครองต่อศาลปกครองกลางนั้นมีหลักเกณฑ์และวิธีการเช่นเดียวกับการยื่นฟ้องต่อศาลปกครองชั้นต้นอื่น แต่มีข้อควรสังเกตเพิ่มเติมบางประการ ดังนี้
1. ผู้ฟ้องคดีจะมายื่นคำฟ้องด้วยตนเองที่ศาลปกครองกลางหรือจะส่งทางไปรษณีย์ลงทะเบียนก็ได้ โดยในกรณีที่ยื่นฟ้องทางไปรษณีย์ลงทะเบียนให้จ่าหน้าซองดังนี้
2. ในการเขียนคำฟ้องนั้น กฎหมายไม่ได้กำหนดแบบฟอร์มไว้ แต่ผู้ฟ้องคดีต้องใช้ถ้อย คำที่สุภาพ และต้องระบุรายละเอียดหรือรายการต่าง ๆ ที่กฎหมายกำหนดไว้ เช่น ชื่อและที่อยู่ของผู้ฟ้องคดีชื่อหน่วยงานหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐที่ถูกฟ้องคดี การกระทำหรือพฤติการณ์ของหน่วยงานหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐที่นำมาฟ้อง คำขอของผู้ฟ้องคดีและลายมือชื่อของผู้ฟ้องคดี นอกจากนั้น ผู้ฟ้องคดีต้องจัดทำสำเนาคำฟ้องและสำเนาพยานหลักฐาน (เช่น คำสั่งที่ทำให้ผู้ฟ้องคดี เดือดร้อนเสียหาย) ที่ผู้ฟ้องคดีได้รับรองสำเนาถูกต้องตามจำนวนของผู้ถูกฟ้องคดี ยื่นมาพร้อมกับ คำฟ้องด้วยเพื่ออำนวยความสะดวกแก่ผู้ฟ้องคดี สำนักงานศาลปกครองกลางได้จัดทำตัวอย่าง คำฟ้อง (ค.1) ไว้ให้แล้ว
3. การฟ้องคดีปกครองนั้น ผู้ฟ้องคดีสามารถดำเนินการด้วยตนเองได้โดยไม่จำเป็นต้องมีทนายความ แต่หากผู้ฟ้องคดีไม่สะดวกที่จะดำเนินการใดๆด้วยตนเองก็อาจมอบอำนาจให้ทนายความหรือบุคคลอื่นฟ้องคดีหรือดำเนินคดีปกครองแทนตนตั้งแต่ต้นจนเสร็จคดีก็ได้ กรณีเช่นนี้ ผู้ฟ้องคดีจะต้องทำ ใบมอบอำนาจพร้อมทั้งติดอากรแสตมป์ราคา 30 บาท ให้เรียบร้อยโดยไม่ต้องใช้ใบแต่งทนายเหมือนในคดีแพ่งหรือคดีอาญาทั่วไป โดยผู้ฟ้องคดีอาจใช้ตัวอย่างใบมอบอำนาจที่ ศาลปกครองกลางได้จัดทำขึ้นก็ได้
4. ในบางกรณี ผู้ฟ้องคดีอาจไม่ประสงค์จะมอบอำนาจให้ทนายความหรือบุคคลอื่นฟ้องคดีหรือดำเนินคดีปกครองแทนตนทั้งหมดดังเช่นกรณีตามข้อ3. แต่ต้องการเพียงให้ผู้อื่นมายื่นฟ้องแทนหรือยื่นเอกสารหรือ พยานหลักฐานแทนเป็นครั้งคราวเท่านั้น กรณีเช่นนี้ ผู้ฟ้องคดีก็อาจมอบฉันทะให้ผู้อื่นกระทำแทนตนเป็นคราวๆ ก็ได้โดยในแต่ละคราวผู้ฟ้องคดีจะต้องทำใบมอบฉันทะ พร้อมทั้งติดอากรแสตมป์ราคา 10 บาท ให้เรียบร้อย ซึ่งกรณีนี้ศาลปกครองกลางได้จัดทำ ตัวอย่างใบมอบฉันทะ ไว้ด้วยแล้วเช่นกัน
5. สำหรับเรื่องใดที่มีผู้เดือดร้อนหรือเสียหายหลายคน ซึ่งแต่ละคนประสงค์จะฟ้องคดีด้วยเหตุเดียวกัน ผู้ฟ้องคดีทุกคนอาจยื่นคำฟ้องร่วมกันเป็นฉบับเดียวได้โดยลงชื่อผู้ฟ้องคดีทุกคนท้ายคำฟ้องและในกรณีนี้ผู้ฟ้องคดี ทุกคนจะมอบหมายให้ผู้ฟ้องคดีคนหนึ่งเป็นผู้แทนของผู้ฟ้องคดีทุกคนในการดำเนินคดีต่อไปก็สามารถกระทำได้โดยไม่ต้องทำใบมอบอำนาจหรือใบมอบฉันทะ แต่อย่างใด
6. ในกรณีที่ผู้ฟ้องคดีฟ้องขอให้ศาลปกครองสั่งให้ผู้ถูกฟ้องคดีใช้เงินหรือส่งมอบทรัพย์สินในกรณีละเมิด หรือผิดสัญญา ผู้ฟ้องคดีจะต้องเสียค่าธรรมเนียมศาล อย่างไรก็ตาม ในกรณีที่ผู้ฟ้องคดีไม่ทราบว่าจะต้องเสียค่าธรรมเนียมศาลหรือไม่และเท่าใดหากผู้ฟ้องคดีมายื่นฟ้องด้วยตนเอง ผู้ฟ้องคดีอาจขอรับคำแนะนำจากเจ้าหน้าที่ศาลปกครองในขณะที่ยื่นฟ้องก็ได้ แต่ถ้าผู้ฟ้องคดีส่งคำฟ้องทางไปรษณีย์ ลงทะเบียน ผู้ฟ้องคดีจะต้องคำนวณเงินค่าธรรมเนียมศาลเอง หากคำนวณได้ไม่ถูกต้อง ศาลก็จะมีคำสั่งแจ้งให้ผู้ฟ้องคดีชำระค่าธรรมเนียมศาลให้ถูกต้องในภายหลัง
7. การชำระค่าธรรมเนียมศาลนั้น นอกจากจะเลือกชำระเป็นเงินสดหรือเช็คซึ่งธนาคาร รับรองแล้ว ผู้ฟ้องคดียังอาจเลือกชำระด้วยตั๋วแลกเงินธนาคารหรือดร๊าฟธนาคารก็ได้ โดยในช่อง สั่งจ่ายให้สั่งจ่ายในนาม
“เงินค่าธรรมเนียมและเงินค่าปรับของสำนักงานศาลปกครอง”