เนื่องจากคดีปกครองมีลักษณะพิเศษต่างไปจากคดีแพ่งและคดีอาญา ดังนั้น จึงต้องมีวิธีพิจารณาที่เหมาะสมกับสภาพของคดีปกครองเอง ซึ่งได้แก่วิธีพิจารณาแบบไต่สวน อันเป็นวิธีการที่มีหลักสำคัญในการให้อำนาจศาลในการแสวงหาข้อเท็จจริงได้ อย่างกว้างขวาง และเป็นผู้ดำเนินกระบวนพิจารณาเอง
อย่างไรก็ดี การพิจารณาคดีปกครองยังคงต้องเคารพหลักทั่วไปของระบบวิธีพิจารณาคดี อันเป็นหลักการที่มุ่งเน้นให้มีการพิจารณาคดีอย่างยุติธรรมและมีประสิทธิภาพ เช่น การฟังความสองฝ่าย การพิจารณาไปตามกรอบของคำฟ้องและคำขอท้ายฟ้อง การคัดค้านตุลาการ เป็นต้น จากหลักการของกระบวนพิจารณาคดีปกครองดังกล่าวข้างต้น ได้นำมาสู่การวางระบบวิธีพิจารณาคดีปกครองที่ส่วนหนึ่งอันเป็นกรอบสาระสำคัญ ได้บัญญัติไว้ในพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 และอีกส่วนหนึ่งกำหนดไว้ในระเบียบของที่ประชุมใหญ่ตุลาการในศาลปกครองสูงสุด ว่าด้วยวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2543